rnalysis.filtering.DESeqFilter.head

DESeqFilter.head(n: PositiveInt = 5) → DataFrame

Return the first n rows of the Filter object. See polars.DataFrame.head documentation.

Parameters:

n (positive int, default 5) – Number of rows to show.

Returns:

returns the first n rows of the Filter object.

Examples:

>>> from rnalysis import filtering
>>> d = filtering.Filter("tests/test_files/test_deseq.csv")
>>> d.head()
shape: (5, 7)
┌────────────────┬─────────────┬────────────────┬──────────┬───────────┬─────────────┬─────────────┐
│                ┆ baseMean    ┆ log2FoldChange ┆ lfcSE    ┆ stat      ┆ pvalue      ┆ padj        │
│ ---            ┆ ---         ┆ ---            ┆ ---      ┆ ---       ┆ ---         ┆ ---         │
│ str            ┆ f64         ┆ f64            ┆ f64      ┆ f64       ┆ f64         ┆ f64         │
╞════════════════╪═════════════╪════════════════╪══════════╪═══════════╪═════════════╪═════════════╡
│ WBGene00000002 ┆ 6820.755327 ┆ 7.567762       ┆ 0.142257 ┆ 53.197692 ┆ 0.0         ┆ 0.0         │
│ WBGene00000003 ┆ 3049.62567  ┆ 9.138071       ┆ 0.245989 ┆ 37.148359 ┆ 4.6600e-302 ┆ 4.2800e-298 │
│ WBGene00000004 ┆ 1432.911791 ┆ 8.111737       ┆ 0.246801 ┆ 32.867521 ┆ 6.4000e-237 ┆ 3.9200e-233 │
│ WBGene00000005 ┆ 4028.154186 ┆ 6.534112       ┆ 0.202467 ┆ 32.272543 ┆ 1.7000e-228 ┆ 7.8000e-225 │
│ WBGene00000006 ┆ 1230.58524  ┆ 7.157428       ┆ 0.227948 ┆ 31.399325 ┆ 2.0700e-216 ┆ 7.5900e-213 │
└────────────────┴─────────────┴────────────────┴──────────┴───────────┴─────────────┴─────────────┘

>>> d.head(3) # return only the first 3 rows
shape: (3, 7)
┌────────────────┬─────────────┬────────────────┬──────────┬───────────┬─────────────┬─────────────┐
│                ┆ baseMean    ┆ log2FoldChange ┆ lfcSE    ┆ stat      ┆ pvalue      ┆ padj        │
│ ---            ┆ ---         ┆ ---            ┆ ---      ┆ ---       ┆ ---         ┆ ---         │
│ str            ┆ f64         ┆ f64            ┆ f64      ┆ f64       ┆ f64         ┆ f64         │
╞════════════════╪═════════════╪════════════════╪══════════╪═══════════╪═════════════╪═════════════╡
│ WBGene00000002 ┆ 6820.755327 ┆ 7.567762       ┆ 0.142257 ┆ 53.197692 ┆ 0.0         ┆ 0.0         │
│ WBGene00000003 ┆ 3049.62567  ┆ 9.138071       ┆ 0.245989 ┆ 37.148359 ┆ 4.6600e-302 ┆ 4.2800e-298 │
│ WBGene00000004 ┆ 1432.911791 ┆ 8.111737       ┆ 0.246801 ┆ 32.867521 ┆ 6.4000e-237 ┆ 3.9200e-233 │
└────────────────┴─────────────┴────────────────┴──────────┴───────────┴─────────────┴─────────────┘